Como personagem principal da s�rie, Naruto normalmente tem um papel de destaque nos epis�dios. No in�cio da hist�ria, Naruto se concentra em melhorar suas habilidades ninja e em alcan�ar seus pr�prios objetivos, enquanto os eventos principais ocorrem em outros locais. Ap�s a invas�o da Vila Oculta da Folha, Naruto tem contato com a Akatsuki, uma organiza��o criminosa que tem como meta remover a Raposa de Nove Caudas de seu corpo. Mesmo depois que Jiraiya expulsa a gangue, as intera��es de Naruto com a Akatsuki se tornam um conflito central da hist�ria. Somente depois que Sasuke decide abandonar a Vila Oculta da Folha � que Naruto toma um papel de lideran�a no enredo, se juntando a um time ninja dedicado a impedir que Sasuke se alie �s for�as inimigas. Naruto e Sasuke posteriormente se enfrentam, mas n�o t�m coragem de eliminar um ao outro. Os dois seguem seus pr�prios caminhos, mas Naruto n�o desiste de Sasuke e parte com Jiraiya em treinamento para se preparar para seu pr�ximo encontro.
As posi��es de m�o que Naruto faz para ativar clones da sombra
Ap�s retornar do treinamento, Naruto passa a lidar mais diretamente com os ataques da Akatsuki. Ele consegue salvar Gaara e depois auxilia na queda de Kakuzu. Depois que descobre que Jiraiya foi morto por Pein, l�der da Akatsuki, volta a treinar at� conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e traz�-lo de volta. Ele e seu time conseguem localiz�-lo, mas a r�pida evolu��o de Sasuke o transforma em um oponente que o time n�o � capaz de enfrentar. Ap�s descobrir que Sasuke se afiliou � Akatsuki e ter acesso � verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho. Nos recentes cap�tulos do mang�, ap�s a morte de Pain para a restaura��o da vida na Vila Oculta da Folha, Madara Uchiha, que usa o codinome "Tobi" vai atras de Konan, a fim de descobrir onde esta o corpo de Nagato(Pain), a fim de obter os olhos do Rinnengan e ao encontrar o corpo diz que Nagato usou tanto seus poderes que "at� os cabelos vermelhos, marca do cl� Uzumaki, embranqueceram", deixando no ar uma quest�o de parentesco entre Pain e Naruto, apesar do Naruto ser loiro, sua m�e, Kushina, tinha os cabelos vermelhos, porque tanto a m�e de Nagato e Kushina eram parecidas, id�nticas.