A hist�ria se passa dois anos e meio ap�s a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com Jiraiya para fora de Konohagakure no Sato. Ap�s seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova forma��o, engajam em uma investiga��o da Akatsuki, e de um poss�vel resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konohagakure no Sato, em Naruto: Shippuuden � a organiza��o Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.