Elfen Lied mostra uma evolu��o da humanidade, os Diclonius.Os Diclonius se parecem muito com humanos normais, por�m possuem algumas diferen�as: Possuem um par de pequenos chifres em suas cabe�as,sempre possuem cabelos e olhos avermelhados/rosados, conseguem sentir a presen�a de outros de sua esp�cie e a principal diferen�a s�o seus Vectors, que s�o como bra�os invis�veis que saem de suas costas.Geralmente s�o dois pares e podem variar a �rea de alcance,e usam esses "bra�os" em especial para matar e para se defender de tiros.Por causa dessas caracter�stica especiais, os Diclonius sofrem grande preconceito, por isso logo aprendem a ter um certo �dio por humanos e come�am a matar.Por isso, quando s�o identificados, s�o trancados em um laborat�rio onde come�am a fazer experi�ncias com eles, aumentando ainda mais seu �dio. Os Diclonius nascem de pessoas normais, mas cujo o pai ou a m�e foi infectado com um dos vectors de outro Diclonius.
A hist�ria come�a com a fuga de Lucy, uma Diclonius poderosa, de uma ilha, um centro de pesquisas, fortemente protegido por gente armada, com uma instala��o cient�fica enorme.Na tentativa de impedi-la, um atirador acaba acertando seu capacete e a derruba no mar.Depois ela � encontrada por Kouta e sua prima, Yuka, sem roupas, sem mem�ria alguma, com comportamento de uma crian�a pequena e a �nica coisa que conseguia falar era Nyuu.Por ela s� saber falar isso, eles acabam chamando-a de Nyuu mesmo.Depois ela acaba indo morar com Kouta, numa antiga pens�o fechada, que ele havia alugado para morar enquanto estudava na universidade.Enquanto isso, o pessoal que trabalha no laborat�rio est� desesperado atr�s de Lucy, e enviam assassinos profissionais e outras Diclonius atr�s dela.