A historia come�a em uma cidade do interior, chamada Rizenpool, onde vivem os irm�os, Edward Elric e Alphonse Elric. Quando pequenos, Edward e Alphonse perderam sua m�e, Trisha Elric. Desde ent�o Edward pensa que a culpa da morte da m�e foi do pai deles, Hohenheim Elric
(Von Hohenheim no mang� ou Hohenheim da luz no anime) que foi embora
quando eles eram ainda pequenos. Ent�o os dois irm�os tentam reviver a
m�e, usando uma t�cnica proibida que eles acharam em um dos livros que
o pai dele havia deixado na casa. Os irm�os, ent�o, quebram o maior
tabu da Alquimia: a Transmuta��o Humana.
Entretanto os irm�os conseguem apenas trazer o corpo da m�e, sem a
alma, por terem praticado a transmuta��o humana, s�o levados at� a Porta da Alquimia,
onde o pre�o do corpo da m�e � cobrado, Edward perdeu sua perna
esquerda, enquanto seu irm�o Alphonse perde todo o seu corpo. Edward
ent�o sacrificou o seu bra�o direito em troca da alma do seu irm�o, que
ele selou em uma armadura. Essa � a lei m�xima da Alquimia, a "Lei da
Troca Equivalente".

Edward usa Automails
(pr�teses mec�nicas) implantadas no lugar dos membros perdidos, ent�o
os irm�os Elric partem em busca da lend�ria Pedra Filosofal, a qual,
reza a lenda, amplia os poderes de um alquimista e atrav�s dela,
fazendo com que possam ignorar a lei da troca equivalente, de modo que
eles poderiam de alguma forma, recuperar seus corpos. Por�m, eles n�o
s�o os �nicos intessados no artefato, os Homunculus
(seres humanos artificiais), tamb�m est�o atr�s da pedra. Para
facilitar a sua busca, Edward entra para o ex�rcito, tornando-se um Alquimista Federal (por muitos denominados c�es do ex�rcito) e passa a ser conhecido pela alcunha de Alquimista de A�o. Eles ainda cruzam o caminho de Scar,
um sujeito de poderes misteriosos que busca se vingar de todos os
Alquimistas Federais que encontra pela frente. Em sua jornada, os
irm�os Elric descobrir�o conspira��es e liga��es entre o ex�rcito e os
homunculus.